swingの表示が変

Linux上でswingアプリケーション(JVM は J2SE1.3.1)を動作させたところ、swingの表示が変だ。Windows上ではすべて問題なく表示しているのに。JDialogを継承したダイアログの大半が、やたら小さく表示されてしまい使い物にならない。右上の画像がそれ。
デスクトップのテーマを切り替えたりしていると、たまーに切り替えた直後の一度だけきちんと表示される場合があるようだが、ほとんどの場合はうまく表示しない。しかし、同じアプリケーションの中には毎回きちんと表示するダイアログもある。
もしかしたら動作環境がサポート範囲外の可能性があると思って、Sun のダウンロードサイトにあるインストールガイドで確認してみると、J2SE1.3.1 が対応している日本語環境は Red Hat Linux 6.2J だった。どうやら Red Hat Linux 8.0J で動作させたのが原因らしい。ちなみに、Vine Linux 2.6 だと問題ない。もしかすると J2SE1.3.1 を GNOME2 上で動作させるとダメなのかも。
swing って、異なる動作環境での互換性の高さがウリなだけに、ちょっと納得がいかない。
上に書いたインストールガイドには、J2SE1.4.x だと GNOME2 での動作確認もやっていると書いてあるので動くのかも。と思って、J2SE1.4.2 の JVM で動かしてみたら、あっさり問題なく表示した。
でも、J2SE1.4.x だと特定の操作でクラッシュするのがわかっているので、JVM を変更するわけにはいかないのよね。。。