MySQL の CPU使用量

某社に作ってもらったアプリケーションで MySQL を使ってるんだけど、アプリケーションを動かしている途中で mysqld-nt.exe の CPU使用量が100%に張り付いてしまう。それも数分間に渡って張り付くので、アプリケーションがハングしたように見える。
これって、たぶん MySQL の使い方が悪いだけなんじゃないかと思いつつも、ヒントが転がってないかとぐぐってみた。だけどやっぱりそれっぽいヒットなし。
きっと MySQL に高い負荷をかける SQL を投げてるんだろうなぁ。。。